《重點實驗室管理辦法》的主要任務是面向食品藥品科技前沿、圍繞我國食品藥品創新發展和科學監管的戰略需求，在食品藥品監管新方法、檢驗檢測新技術、標準制修訂、風險分析和預警、安全評價、應急處置等重點領域開展原創性研究和科技攻關，解決基礎性、關鍵性、戰略性的技術問題，應用先進技術提升檢驗檢測和評價水平，提高我國食品藥品監管能力。

《重點實驗室管理辦法》鼓勵各級食品藥品監督管理部門所屬食品藥品檢驗檢測機構與高等院校、科研院所和由社會力量舉辦的相關領域研究機構聯合申請。聯合申請的各單位應當在過去5年內有合作研究的經驗，并有科研成果產出。多個單位聯合申請時，單位數量原則上不超過3個。

《重點實驗室管理辦法》還對實驗室的占地面積、儀器裝備、經費投入均做出相關的限定。

首先是實驗場所。原則上依托單位實驗室總面積不低于5000平方米，重點實驗室總面積不低于1000平方米，并相對集中。其次是儀器設備。擁有開展研究所需的國內先進水平的科學研究試驗設備、儀器裝備及配套設施等，原則上依托單位儀器設備原值不低于3000萬元，重點實驗室儀器設備原值不低于2000萬元。依托單位投入方面要求，近3年投入的經費不低于6000萬元，并對擬申請重點實驗室的研究領域投入能力建設和科研經費，其中食品類投入不低于2000萬元，藥品類、醫療器械類、化妝品類投入均不低于1000萬元等多種條件。

在食藥監總局制定的重點實驗室分類設置意見中，明確了食品監管重點實驗室、藥品監管重點實驗室、化妝品監管重點實驗室、醫療器械監管重點實驗室的布局思路、設置目標及設置領域。

其中，根據食品監管現狀和發展的需要，食品監管重點實驗室突出主要風險因素、重點食品品種和優勢特色學科，按照綜合監管重點實驗室、關鍵技術重點實驗室和重點品種重點實驗室三類進行設置，形成引領型、突破型、平臺型一體的科技創新體系，在食品監管新方法、檢驗檢測技術發展前沿、標準制修訂、風險預警和分析、安全評價、應急處置等重點領域開展創新性研究和科技攻關，解決基礎性、關鍵性、前瞻性和戰略性的技術問題，建成高水平監管科技智庫，培養造就一批領軍人物和核心骨干人才，進一步提升我國食品安全技術保障水平。